在职人员参与在职研究生学习，学校的选择非常重要，不同的学习教学条件不同，教学质量也不同，最后所能获得收获也不同。此外，在职人员所选择的学校，也会影响申硕。很多在职人员都选择中国人民大学在职研究生，尤其是像人民大学经济学在职研究生这种重点专业。因为人民大学是我国的重点大学，选择重点大学对学习非常有利。
另外，在职人员专业选择也很重要。虽然说专业的选择很自由，不过对于在职人员来说，都是以自己的职业，或者本科专业为主。当然，也有一些在职人员，是跨专业学习。在职人员跨专业，选择在职研究生的专业，需要克服一下困难：
第一，专业基础问题
在职人员就读在职研究生学习，虽然说也会学习基础知识。不过毕竟是研究生阶段的学习，是更深层的知识学习。学习的门槛相对来说比较高，在职人员需要有一定的基础知识，才能更好的学习。于是说，在职人员需要克服专业基础问题。
第二，学习效率
一般来说在职人员就读在职研究生，有两种情况，一种是跨专业另一种就是本专业学习。相对来说，本专业学习，在职人员的学习经验比较多，那么学习效率也较高。于是，跨专业的在职研究生在学习上，还需要解决学习效率的问题。
第三，申请硕士学位证书
跨专业的在职人员，在最后的申硕上，也是一大难点。尤其是在最后的论文撰写上。